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第一核能發電站
2014年12月10日，核一廠一號機停機進行歲修。12月28日執行核燃料挪移填換作業時，發現其中1束燃料組件有把手松脫情形，之後政府即不再同意該廠啟動。這是全世界首次出現沸水式反應堆燃料束把手松脫的意外(壓水式反應堆有前例)，肇因確定是生產製造瑕疵而非臺電責任，維修成本將向法國采購商阿海琺（AREVA）求償。
2014年12月10日，核一廠一號機停機進行歲修。12月28日執行核燃料挪移填換作業時，發現其中1束燃料組件有把手松脫情形，之後政府即不再同意該廠啟動。這是全世界首次出現沸水式反應堆燃料束把手松脫的意外(壓水式反應堆有前例)，肇因確定是生產製造瑕疵而非臺電責任，維修成本將向法國采購商阿海琺（AREVA）求償。
第二核能發電站
核一廠、核二廠與臺北市的直線距離分別只有28和22千米，雖有地形因素等與山脈的天然屏障，能避免發生嚴重意外時產生直接沖擊，但仍可能造成重大事故。核一廠與核二廠位在第二類斷層山腳斷層附近，不過研究指出一旦該斷層引發強烈地震，核電站的耐震能力仍足以安全停機，不會引起危害。根據原能會最新研究，如果兩座反應器一起出問題，緊急應變範圍為8千米，而部分專家指出需疏散30千米之居民才得以保障安全並避免沖擊擴大。
曾於1990年代發生秘雕魚事件。事件主因是水溫升高，而導致魚體攝取維生素C與膠原蛋白中的羥脯胺酸不足，妨礙骨骼與肌肉的發育。
2011年（民國100年）10月，核二廠2號機組於大修期間，目視發現120根反應堆支撐裙鈑錨定螺栓之中，有一根螺栓斷裂。其余119根螺栓經超音波探傷檢驗後確認無斷裂或裂紋之情事。
2012年（民國101年）3月，同廠1號機組於大修期間，執行清潔作業時發現位於裙鈑內側1根螺栓斷裂。經超音波探傷檢測後再次發現裙板內側另有2根螺栓已近斷裂，另有4根螺栓有裂紋顯示，裂紋深度約 2.5 毫米。外側螺栓檢測則無異常現象。經核能研究所熱室檢驗分析斷裂之螺栓後發現，螺栓斷裂之原因可初步排除腐蝕因素；並可能肇因於熱處理不當、材質不良、製程瑕疵及因螺桿與載鈑接觸引發之非預期彎曲力矩等現象。
核一廠、核二廠與臺北市的直線距離分別只有28和22千米，雖有地形因素等與山脈的天然屏障，能避免發生嚴重意外時產生直接沖擊，但仍可能造成重大事故。核一廠與核二廠位在第二類斷層山腳斷層附近，不過研究指出一旦該斷層引發強烈地震，核電站的耐震能力仍足以安全停機，不會引起危害。根據原能會最新研究，如果兩座反應器一起出問題，緊急應變範圍為8千米，而部分專家指出需疏散30千米之居民才得以保障安全並避免沖擊擴大。
曾於1990年代發生秘雕魚事件。事件主因是水溫升高，而導致魚體攝取維生素C與膠原蛋白中的羥脯胺酸不足，妨礙骨骼與肌肉的發育。
2011年（民國100年）10月，核二廠2號機組於大修期間，目視發現120根反應堆支撐裙鈑錨定螺栓之中，有一根螺栓斷裂。其余119根螺栓經超音波探傷檢驗後確認無斷裂或裂紋之情事。
2012年（民國101年）3月，同廠1號機組於大修期間，執行清潔作業時發現位於裙鈑內側1根螺栓斷裂。經超音波探傷檢測後再次發現裙板內側另有2根螺栓已近斷裂，另有4根螺栓有裂紋顯示，裂紋深度約 2.5 毫米。外側螺栓檢測則無異常現象。經核能研究所熱室檢驗分析斷裂之螺栓後發現，螺栓斷裂之原因可初步排除腐蝕因素；並可能肇因於熱處理不當、材質不良、製程瑕疵及因螺桿與載鈑接觸引發之非預期彎曲力矩等現象。
第三核能發電站
1985年7月7日下午五時二十三分時，曾因為發電機組的油封系統故障，導致氫氣外泄因而機房起火燃燒發電機毀損。完工未滿一年之核三一號發電機組損毀嚴重，於1986年9月11日修復，歷時約13個月。
1988年3月10日，核三廠遺失二枚固態射源，發現遺失的2天後即尋回
1993年4月29日，1號機組年度大修時，過濾系統故障，導致微量輻射汙水外流到廠外海域
2001年3月18日，核三廠進入3A事故狀態，1號機組喪失電力2小時
2012年6月9日，在進行高壓汽機閥門測試時，出現震動，反應堆安全停機。
1985年7月7日下午五時二十三分時，曾因為發電機組的油封系統故障，導致氫氣外泄因而機房起火燃燒發電機毀損。完工未滿一年之核三一號發電機組損毀嚴重，於1986年9月11日修復，歷時約13個月。
1988年3月10日，核三廠遺失二枚固態射源，發現遺失的2天後即尋回
1993年4月29日，1號機組年度大修時，過濾系統故障，導致微量輻射汙水外流到廠外海域
2001年3月18日，核三廠進入3A事故狀態，1號機組喪失電力2小時
2012年6月9日，在進行高壓汽機閥門測試時，出現震動，反應堆安全停機。
龍門核能發電站
2010年7月9日，當日14時21分進行系統試運轉測試時，廠外電源 345kV 開關場斷路器編號 3520 及 3530 異常跳脫，造成供電給1號機運轉中之設備，喪失來自 345kV 之電源供給，因另一外電來源（161kV 系統）正在執行電驛數字化更新工程及大修作業而無法供電，以致造成廠內相關中壓總線失電，並使得運轉及測試中之設備喪失電源停止運轉，惟此時主控製室因有蓄電池供電，故仍可維持操作與監視系統狀態的功能。本次事件發生後，經龍門電廠運轉及維護部門人員查證事件前各項運轉參數，以及檢查現場各種保護電驛的狀態，初步判定造成斷路器跳脫之主變壓器 B 相高油溫信號是假信號，並非主變壓器真正出現問題而跳脫斷路器，故於當日晚間21時8分開始執行恢復 345kV 電源的操作。但在電廠恢復變壓器運作之加壓過程中，現場人員發現主變壓器 C 相電纜頭處有閃絡(火花)產生，為保護設備及經電廠主管及保守決策下，主控製室運轉員手動將開關場斷路器打開於晚間22時55分停止變壓器加壓作業。此時因考量直流蓄電池的容量(約8小時)無法長期供應主控製室儀控設備操作，故於次日(7 月10日)淩晨陸續將儀控系統、不斷電系統、及直流系統停機，等待 345kV 恢復加壓後再次使用。
7月10日臺電公司召集公司內綜合施工處、修護處、龍門電廠及廠家 J-Power 等單位會同檢查後，判斷主變壓器 C 相電纜頭處之火花系因加壓時變壓器湧入電流（inrush current），感應電壓至保護罩支撐螺絲，在靠近鐵構處產生電弧所出現的閃絡，但並不會影響變壓器安全。故電廠人員於同日晚間20時52分再度投入斷路器，恢復 345kV 外電供給廠房電力後，再將機組內不同電壓等級總線依序受電，於電力電源與儀用電源皆恢復正常且確認主控製室監控系統功能正常後，再依序逐步起動各系統設備，龍門電廠1號機於7月11日下午恢復喪失外電前之運轉狀態。
2010年7月9日，當日14時21分進行系統試運轉測試時，廠外電源 345kV 開關場斷路器編號 3520 及 3530 異常跳脫，造成供電給1號機運轉中之設備，喪失來自 345kV 之電源供給，因另一外電來源（161kV 系統）正在執行電驛數字化更新工程及大修作業而無法供電，以致造成廠內相關中壓總線失電，並使得運轉及測試中之設備喪失電源停止運轉，惟此時主控製室因有蓄電池供電，故仍可維持操作與監視系統狀態的功能。本次事件發生後，經龍門電廠運轉及維護部門人員查證事件前各項運轉參數，以及檢查現場各種保護電驛的狀態，初步判定造成斷路器跳脫之主變壓器 B 相高油溫信號是假信號，並非主變壓器真正出現問題而跳脫斷路器，故於當日晚間21時8分開始執行恢復 345kV 電源的操作。但在電廠恢復變壓器運作之加壓過程中，現場人員發現主變壓器 C 相電纜頭處有閃絡(火花)產生，為保護設備及經電廠主管及保守決策下，主控製室運轉員手動將開關場斷路器打開於晚間22時55分停止變壓器加壓作業。此時因考量直流蓄電池的容量(約8小時)無法長期供應主控製室儀控設備操作，故於次日(7 月10日)淩晨陸續將儀控系統、不斷電系統、及直流系統停機，等待 345kV 恢復加壓後再次使用。
7月10日臺電公司召集公司內綜合施工處、修護處、龍門電廠及廠家 J-Power 等單位會同檢查後，判斷主變壓器 C 相電纜頭處之火花系因加壓時變壓器湧入電流（inrush current），感應電壓至保護罩支撐螺絲，在靠近鐵構處產生電弧所出現的閃絡，但並不會影響變壓器安全。故電廠人員於同日晚間20時52分再度投入斷路器，恢復 345kV 外電供給廠房電力後，再將機組內不同電壓等級總線依序受電，於電力電源與儀用電源皆恢復正常且確認主控製室監控系統功能正常後，再依序逐步起動各系統設備，龍門電廠1號機於7月11日下午恢復喪失外電前之運轉狀態。